Le ciel apparait sombre, rendant l'atmosphère froide et inquiétante, donnant cette impression de mal être, d'une chose qu'on ne peut voir mais qu'on peut sentir. On la sentait monter en nous, envahir notre être, glacer nos cœurs. L'angoisse nous hante alors et laisse place à une peur puissante et hostile. La
joie et le bonheur nous quittent, l'enthousiasme d'une seconde n'est plus. Les rumeurs, qui, il y a encore quelques jours apparaissaient comme des choses inimaginables et insensées, sont bel et bien aujourd'hui fondées. De curieuses disparitions de pokemon et d'habitants avaient eu lieu aux quatre coins du monde, mais personne n'aurait pensé qu'elles étaient liées. Les chercheurs, en observant les pokemon, ont constaté d'étranges phénomènes et finissent par décrire la situation comme "très inquiétante" et surtout "très dangereuse". Nos amis les pokemon quittent leurs habitats naturels pour se mettre à l'abri dans d'autres régions plus reculées ou plus "sécurisées". On apprend que certaines zones sont détruites et que toute cette terreur est le fruit d'une nouvelle organisation qui se fait appeler la "Team Alpha". La police pokemon, quelques courageux chercheurs et maîtres pokemon mettent leur énergie en commun et tentent d'en savoir plus sur cette dernière. Après quelques enquêtes, ils réussissent à obtenir quelques réponses. La Team Alpha est une organisation bien plus puissante que celles qui ont précédé et ses actions dépassent tout ce qu'on aurait pu imaginer. Les membres de cette team apocalyptique ont construit des machines afin de contrôler les pokemon légendaires du globe. La puissance de ces machines dépassent l'entendement. Les pokemon légendaires sont donc en grande partie sous contrôle de ces machines et de cette team, et ces derniers se retournent contre les autres pokemon, délivrant leur force et leurs pouvoirs. L'équilibre naturel est rompu.

La Team Alpha se lance alors à la conquête du monde pokemon, en commençant par la Région Sinnoh. Une base à leur effigie est construite, et les membres de cette organisation envahissent les villes. Les dresseurs les plus courageux restent sur place pour protéger les habitants et les pokemon, tandis que d'autres rejoignent les régions encore inertes. Dans cette obscurité la plus profonde, quelques brins de lumières tentent de survivre, et cette force suffit à faire renaître l'espoir. Une nouvelle Région, puissante et rayonnante, se dessine à l'horizon: Isshu. De nouveaux pokemon, de nouveaux dresseurs et chercheurs, de nouvelles forces en perspective. Que nous réserve l'avenir ?